Katedra - Kaplice
Kaplica Akademicka p.w. św. Jana Kantego
Od pocz. XIX w. nosiła wezwanie św. Wojciecha (kaplica Akademicka znajdowała się w innym miejscu). Obecny ołtarz pochodzi z trzeciej ćwierci XVIII w. i ma charakterystyczne dla tego okresu załamane ku przodowi boki, jak też ukazane w ruchu postacie czterech aniołów. Zapewne wraz z likwidacją kaplicy Akademickiej przeniesiono tu obraz św. Jana Kantego (za mały i później uzupełniony snycerską ramą) oraz kartusz z herbem akademickim i figury św. Grzegorza papieża i św. Augustyna biskupa – doktorów Kościoła (pierwotnie polichromowane). W 1869 r. ołtarz gruntownie odnowiono. Wymieniona została jego dolna część (w antepedium pozostawiono będący pamiątką po dawnym wezwaniu monogram S W – św. Wojciech). Ujednolicono też kolorystykę ołtarza (marmoryzowany na szaro), a figury świętych i aniołów pozłocono (później przemalowano na biało). Podczas ostatniej restauracji w 1986 r. przywrócona została pierwotna osiemnastowieczna kolorystyka ołtarza, ze złoconymi kolumnami.
Obraz św. Jana Kantego pochodzi z 2 poł. XVII w. Utrzymany w ciemnej tonacji, przedstawia świętego adorującego Matkę Boska z Dzieciątkiem. W połowie XVIII w. obie postacie otrzymały srebrne pozłacane sukienki zdobione wicią roślinną (szatę św. Jana wzbogaca gronostajowy kołnierz), po konserwacji jednak, wobec dużych walorów malarskich obraz odsłonięto. W zwieńczeniu znajduje się jeszcze św. Wincenty pędzla prawdopodobnie ludowego artysty (sygn. Żebrowski 1896 r.).
Hebanowy krzyż ołtarzowy, przerobiony częściowo, pochodzi z fundacji prof. Akademii
H. Kołakowskiego (poł. XVII w.).
W bocznej ścianie kaplicy wmurowane zostało epitafium Dominika Convalisa, franciszkanina z Neapolu, profesora teologii w Akademii, cenzora drukarni akademickiej (zm. 1605). Zdobi je dekoracyjne obramienie z popiersiem zakonnika, o cechach manierystycznych z kręgu pińczowskiego, prawdopodobnie dłuta pracującego w Zamościu Błażeja Gocmana.
Jeszcze w początkach XIX w. w Kolegiacie było znacznie więcej epitafiów, głównie XVII-wiecznych, m.in. Barbary z Tarnowskich, żony Hetmana (zm. 1610), Tomasza Zamoyskiego (zm. 1638) i jego żony Katarzyny (zm. 1642) oraz córek Gryzeldy Wiśniowieckiej (zm. 1672) i Barbary Koniecpolskiej (zm. 1653), biskupów Jerzego Zamoyskiego (zm. 1620) i Jana Zamoyskiego (zm. 1655), Jana Zamoyskiego, brata stryjecznego Hetmana, przebitego trzema włóczniami (zm. 1619), Beaty Hilchen (zm. 1606), Pawła Słotowskiego (zm. 1653) i Kacpra Solskiego (zm. 1653), a także tablica pamiątkowa poświęcona hetmanowi Stanisławowi Żółkiewskiemu.
Obok kaplicy w nawie bocznej stoi kamienny ołtarzyk chrzcielny z ok. 1780 r. Jest to oryginalne dzieło dłuta lokalnego autora. Na tle rokokowej architektury ołtarza umieścił on trzy sceny zdradzające dość biegłego rzeźbiarza. Nad realistycznie ukazaną grupą uczestnicząca w chrzcie dziecka wyłania się trochę nietypowo ukazana Trójca Święta, a w zwieńczeniu nieco słabszy Chrzest Chrystusa. Wrażenie psuje jaskrawe malowanie ołtarzyka.
(Źródło: Kędziora Andrzej: Kolegiata Zamojska. Wydawnictwo Pelikan. Warszawa 1988).