Katedra
Prezbiterium
Pierwotny manierystyczny ołtarz główny, wykonany z drewna w latach 1635-1637 przez F. Mollera z Gdańska, od 1797 r. znajduje się w kościele w Tarnogrodzie, a wraz z nim trzy obrazy zamówione w 1602 r. przez Jana Zamoyskiego u znanego malarza weneckiego Dominika Tintoretta (czwarty centralny ze św. Tomaszem zaginął).
Obecny ołtarz główny, stiukowy, powstał w latach 1783-1785. Zgodnie z ówczesną modą otrzymał monumentalną późnobarokową formę, nawiązującą do popularnej odmiany ołtarzy zapoczątkowanej pół wieku wcześniej przez ołtarz główny na Jasnej Górze. Oprócz „sztucznego marmuru”, pokrewieństwa z tą grupą ołtarzy doszukać się można w ukośnym ustawieniu kolumnowych portyków, a także w braku wyraźnego rozgraniczenia gzymsem zasadniczej części ołtarza z jej architektoniczną konkretnością i teatralnego, rzeźbiarsko ukształtowanego olbrzymiego zwieńczenia. Tworzy je grupa Świętej Trójcy w otoczeniu aniołów, glob ziemski i złota korona ponad wszystkim. Na tle posuniętej do skrajności żywiołowej dekoracji i bogactwa rozwiązań tamtych czasów, ołtarz zamojski cechuje umiarkowanie, rodzaj pewnej elegancji, jakkolwiek wyraźnie odczuwa się niezgodność z odmiennym stylowo wnętrzem kościoła.
Anonimowy marmoryzator uwzględnił rolę okien prezbiterium, przepuszczając światło po obu stronach między kolumnami portyków. Okrągłe okno z wyobrażeniem Ducha Świętego w środku, z rozbiegającymi się promieniami, staje się – jak w monstrancji – promienistą glorią. Umieszczenie w zwieńczeniu Ducha Świętego z promienistą aureolą ma również swój pierwowzór w ołtarzu jasnogórskim, tak samo jak i cztery nadnaturalnej wielkości figury w dolnej części ołtarza.
Wyraziście malujące się na tle złotych i szarych barw ołtarza jasne postacie nie są, jak gdzie indziej czterema Ewangelistami. Dwie niespokojne sylwetki w środku przedstawiają Książąt Kościoła – św. Piotra i św. Pawła. Na zewnątrz umieszczeni zostali patroni fundatora Kolegiaty – św. Jan Chrzciciel i św. Jan Ewangelista. Statycznej postaci Jana Ewangelisty w pofałdowanej, obszernej szacie przeciwstawiona została nieco teatralna poza emanującego siłą i zdecydowaniem świętego pustelnika.
Powstały wraz z ołtarzem obraz zgodnie z wezwaniem przedstawia klęczącego św. Tomasza Apostoła w scenie ze zmartwychwstałym Chrystusem.
Również pierwotne srebrne tabernakulum z 24 figurami w drzewie, także projektu F. Mollera, po stu latach zastąpiło nowe, jeszcze okazalsze. Powstało w całości ze srebrnej blachy, według projektu architekta ordynackiego Jerzego de Kawe, a wykonał je w latach 1744-48 wrocławski złotnik Beniamin Hentschel. Niemal całkowicie rzeźbiarskie tabernakulum jest jednym z największych i najciekawszych dzieł złotnictwa na ziemiach polskich, a niewątpliwie najwspanialszym rokokowym tabernakulum w Polsce. Niszę na monstrancję ujmują postacie dwu wielkich aniołów . Szafkę pod niszą zdobi wizerunek kielicha mszalnego. Nad niszą znajduje się spora płaskorzeźba z jeszcze jedną w ołtarzu sceną zaparcia się św. Tomasza, a wieńczy tabernakulum wysoki krzyż i dwa małe anioły. Po obu stronach umieszczone zostały dwa kartusze w formie monstrancji z herbami Jelita i Rawicz, Tomasza Antoniego i jego żony Teresy z Michowskich. Poza celowo gładką – jako tło dla monstrancji – niszą, tabernakulum charakteryzuje miękkość muszlowych, strzępiastych linii i wypełniających całą powierzchnię dekoracji. Sprawia to, iż szczególnie podczas nabożeństwa oświetlona bryła tabernakulum migoce blaskiem, mieni się grą refleksów.
W tabernakulum stoi wielki pacyfikał z relikwiami św. Jana a Dukli. Ten srebrny, pozłacany, prawie metrowej wysokości krzyż o tradycyjnej gotyzującej formie ufundował Tomasz Zamoyski (przed 1618 r.). Początkowo służył do przechowywania dwu najcenniejszych relikwii św. Tomasza i velum Najświętszej Maryi Panny.
Na ścianach prezbiterium wiszą cztery olbrzymie obrazy przedstawiające dzieje św. Tomasza, długo uchodzące za dzieło Dominika Tintoretta. Z uwagi na cechy weneckiej szkoły manierystycznej, przypisywano je również innemu Włochowi, Tomaszowi Dolabelli. Prawdopodobnie jednak zostały namalowane ok. 1627 r. przez Jana Kasińskiego – nadwornego malarza Tomasza Zamoyskiego. Dwa dalsze obrazy po prawej stronie, we wspólnej empirowej ramie, związane są ze sceptycyzmem niewiernego Tomasza. Na pierwszym z nich Chrystus otrzymuje wiadomość o umierającym Łazarzu, na drugim Chrystus stoi wśród apostołów po Ostatniej Wieczerzy. Na obu, w środku obrazu, Chrystus przedstawiony jest w dialogu ze św. Tomaszem, który swoje wątpliwości podkreśla gestem bezradnie rozłożonych rąk. Po stronie północnej przedstawiona została działalność apostolska św. Tomasza w Indiach: nawracanie pogan i męczeńska śmierć. Te dwa obrazy utrzymane są w nieco jaśniejszej tonacji, wzbogacone o elementy ruchu, gwałtowności, a nawet groteski (ulatujący diabełek, potwór morski). Wszystkie cztery odznaczają się dużymi walorami malarskimi, harmonią kolorów, a zwłaszcza przekonywającymi, sięgającymi daleko pejzażami, świadcząc o wysokich umiejętnościach artysty, wyrastającego ponad ówczesny poziom twórczości malarskiej w Polsce.
W prezbiterium znajduje się współcześnie wykonany tron infułata, a po obu stronach mogące pomieścić 20 osób stalle kanonicze, które są darem ordynata Maurycego Zamoyskiego (powstały w 1905 r. w Warszawie).
Ze sklepienia zwisa lampa wieczna z 1714 r. (później uzupełniana) o pięknym ornamencie roślinnym i koronkowym oraz postaciami i główkami aniołków.
Prezbiterium odgradza wykonana w początkach XX w. przez J. Falkowskiego w Warszawie neorenesansowa żelazna balustrada z powtarzającym się sześciokrotnie motywem wici akantowej zakończonej rozetą.
(Źródło: Kędziora Andrzej: Kolegiata Zamojska. Wydawnictwo Pelikan. Warszawa 1988).